关注疫情防控消息的市民不难发现，深圳通报疫情防控最新情况时，还会公布确诊病例所属的变异毒株。6月14日及6月18日确诊的3名病例经新冠病毒基因测序，确定为新冠病毒Delta变异株（B.1.617.2），与国际航班CA868境外输入阳性病例高度同源。

在这些通报中，一些专用名词不免令普通市民有些疑惑。什么是基因测序？测得几个病例高度同源又有什么意义？近日，深圳市疾控中心新冠溯源团队接受晶报独家专访，揭秘新冠病毒基因测序工作那些不为人知的故事。

无缝隙操作，24小时完成病毒基因测序溯源

“对于复核确诊的阳性样本，我们会做病毒基因溯源，来确定病毒的基因型别。”深圳市疾控中心新冠溯源团队研究员何雅青告诉记者，深圳市疾控中心承担了全市新冠病毒阳性样本复核工作。全市医院、第三方检测机构80余个一旦初步筛查出疑似阳性的样本，就会将病例样本送到深圳市疾控中心新冠确诊实验室。实验室对样本进行复核，确认样本是否阳性。工作人员确认阳性且病毒载量较高的样本，就会马上开展新冠病毒基因溯源工作。

市疾控中心新冠溯源团队吕子全博士介绍，通过检测新冠病毒的全基因组序列，再将这个序列通过算法与数据库中的数据进行比对，可以初步判断其地域来源。将序列与既往病例序列进行比对，如果序列在同一进化树分支上，则可以判断这些病例是否来自同一传播链或传染源。

“我们整个溯源流程包括了样本的准备、文库的构建、测序和生物信息学分析等步骤，每个步骤之间都要求工作人员做到‘无缝隙连接’。”何雅青介绍，新冠病毒样本送到实验室后，一般需要经过多个步骤完成检测。在接到阳性样本后，工作人员首先进行复核工作，对样本进行核酸提取，再用两种试剂进行核酸检测。复核阳性的核酸，分别进行二代和三代序列测定，为病毒溯源工作设置“双保险”。

病毒基因序列测定完成后，工作人员还要马上进行生物信息学分析，将病毒序列与数据库中的序列进行比对，查看有无变异位点，进行同源性比较。完成数据比对后，还要及时撰写溯源报告。“国家对二代测序工作要求的时长是72小时，经过我们团队的不断优化，现在二代测序的结果24小时就出来了。”何雅青说。

6月15日下午6点，工作人员经过24小时的无间断衔接，高效完成溯源工作，最终提交溯源报告：确定姜某的新冠病毒与6月10日CA868国际航班报告的3例境外输入阳性病例的结果高度同源，均为新冠病毒Delta变异株（B.1.617.2），可判定姜某为该航班境外输入的关联病例。

不断优化流程、压缩测序时间，只为给市民一个安心

“无缝隙连接”的工作方式是深圳市疾控中心得以快速确认基因测序结果的主要原因。何雅青也坦言，推行这样的工作方式并非毫无阻力。

“有些同事不理解，为什么我们要这么着急忙慌，多一个小时和少一个小时有区别吗？其实每个型别的重要程度不太一样，比如世界卫生组织比较关注的Alpha、Beta、Gamma和Delta这几个变异毒株，需要我们重点关注。对于它们，我们采取的防控措施也是不同的。”何雅青说，溯源的意义在于专业人员可以通过序列测定确定病毒的型别，这对及时研判疫情、采取有效的防控措施有重要的指导意义。深圳市第三人民医院也会针对不同变异毒株分区收治，精准管理。

“有时候我也跟我们科室的人说，我们溯源图的啥，我们不就是在需要我们的时候为深圳市人民作贡献。”何雅青认为，多一个小时和少一个小时，区别很大。越快向外界公布溯源结果，越能让市民安心地在后方生活、工作。“新冠疫情以来，病毒学越来越得到人们的重视。在国家需要我们的时候，我们就要把工作做好、做到极致。只有这样，才能以最快的速度把结果反馈给深圳市民，让他们知道是怎么回事，至少能让大家心安一些。”何雅青说。

重任在肩 他们找到了工作的乐趣

“很多老百姓其实都不知道我们这些幕后工作者。”何雅青介绍，溯源团队工作人员大多都是90后。在疫情发生后，他们身负重任，不分白天黑夜，不分节假日，熬夜加班是家常便饭。他们一方面要承担日常的监测、信息报送工作，另一方面则积极投身新冠病毒溯源工作中，在紧急情况下还承担了对健康人群的筛查工作。但他们依然克服重重困难，为深圳的防控工作作贡献，也从中找到了疾控人的乐趣。

“我经常说我们是虽苦尤乐，虽然很苦，但是我们也很快乐。”何雅青说，每完成一次溯源工作，判断出病毒的源头，团队都会深感自豪。如在“521”疫情中，团队经基因测序，判断16个案例的病毒基因高度同源，均属于新冠病毒Alpha毒株，与广州的疫情病例没有关联。结果一出，团队成员都松了一口气，也为自己奉献的力量感到快乐。

“一旦出现了新的病例，大家都会及时快速地投入到紧张的溯源工作中，我们快速的反应其实就可以平息很多的猜测，可以解除人们的一些恐慌。”何雅青说，从疫情开始至今，团队在每一次重大事件的应对、溯源都很成功。团队现在还建立了自己的数据库，一旦出现疫情，工作人员就可以从中提取数据，与新增案例进行比对。

在“521疫情”期间，团队还帮助香港进行序列比对。令何雅青感到自豪的是，通过1个小时的序列分析与比对，团队骨干成员陈龙就判断出，香港一例阳性病例的Alpha株的序列和“521疫情”的病毒序列属于不同来源，两者没有关联。在得到这一信息后，香港媒体也很快公布这个消息。“我和团队成员都很热爱自己的工作，并从中找到了属于疾控人的乐趣和意义，这也是支撑我们走下去的原因。”何雅青说。

编辑 贺曦