南京市位于长江下游中部富庶地区，江苏省西南部。市域地理坐标为北纬31°14′～32°37′、东经118°22′～119°14′。

南京市跨江而居，北连辽阔的江淮平原，东接富饶的长江三角洲，市区东倚钟山，山高海拔448.9米，恰似龙蟠，气势雄伟；西傍长江天堑，大江从西南滚滚奔腾而来，向东北滔滔而去。

地质地貌   

南京的地质在全国大地构造单元上属扬子古陆的北部边缘，基底主要是轻变质的片岩和变质的火山岩，同位素年龄约在8.64亿—10.31亿年。基底上的沉积盖层约8000—9000米，为震旦系至第四系沉积物。地貌属宁镇扬山地，低山、丘陵、岗地约占全市总面积的60.8%，平原、洼地及河流湖泊约占39.2%。低山、丘陵之间或两侧多是地势低平的河谷平原和滨湖平原，沿长江有沿江洲地和江心洲地，其海拔均不到10米。长江以北是老山山脉、滁河河谷平原、大片岗地和零星丘陵。长江以南大致可分为3个区域。北部，从沿江到主城区周围，钟山、牛首山、云台山等依次排列，海拔大致在200—400多米；钟山主峰北高峰，海拔448.9米，是宁镇山脉最高峰，其延伸入城内的钟山余脉，自东向西隆起由富贵山、九华山、鸡笼山、鼓楼岗、五台山和清凉山组合成南北分水岭，北侧为金川河流域，南侧属秦淮河流域。中部，从主城区以南到溧水永阳之间，是一构造完整的山间盆地，宁镇山脉、横山和东庐山、牛首山和云台山、茅山环峙四周，海拔在250—400米；秦淮河由南向北贯穿盆地，两侧形成海拔5—10米低平的河谷平原；在山地和平原之间，分布着海拔20—60米的黄土岗地。南部，溧水区南部和高淳区全境，地势东高西低，海拔仅为5—10米的石臼湖和固城湖滨湖平原位于西部，东部为海拔20—40米的黄土岗地；该区域中部，茅山向南延伸的余脉形成海拔约100米的分水岭，东侧为太湖流域，西侧属水阳江、青弋江流域。

气候   

南京具有典型的北亚热带湿润气候特征，四季分明，雨水充沛，春秋短、冬夏长，年温差较大。自1905年有气象记录以来，气温经历先上升再下降又上升的变化。冬季常年以东北风为主，1月平均气温2.7℃，极端日最低气温零下14.0℃，出现在1955年1月6日；夏季以东南风为主，7月平均气温28.1℃，极端日最高气温43.0℃，出现在1934年7月13日。大于0.1毫米的降水日数113.7天，极端最多年降水日数160天，出现在1957年；年均降水量1090.4毫米，极端最多年降水量1825.8毫米，出现在1991年。

土壤   

南京土壤类型主要有地带性土壤和耕作土壤两种。地带性土壤在南京北部、中部地区为黄棕壤，在南部与安徽接壤处为红壤。经人为耕作形成的耕作土壤以水稻土为主，并有部分黄刚土和菜园土。土壤分布随地形起伏、水文条件呈现出一定规律，可分为低山丘陵区、岗地区和平原地区三大类。据1980年至1987年全国第二次土壤普查，南京境内土壤分为7个土类、13个亚类、30个土属和66个土种，总面积41.63万公顷。

动植物资源   

南京是中国现代植物资源丰富、植物种类繁多的地区之一。植被类型复杂，其中自然植被有针叶林、落叶阔叶林、落叶与常绿阔叶混交林、竹林、灌丛、草丛和水生植被7种类型，栽培植被有大田作物、蔬菜作物、经济林、果园和绿化地带5种类型。植物种类有维管束植物1061种，占江苏省的64.7%；秤锤树、中华水韭、明党参、青檀等7种为国家重点保护珍稀濒危植物。全市森林覆盖率27.1％。野生动物中，有昆虫795种，隶属于11目125科；鱼类99种，隶属于12目22科；陆栖野生脊椎动物327种，隶属于29目90科；鸟类243种，隶属于17目56科；兽类47种，隶属于8目22科。在所有动物种类中，国家一级保护野生动物9种，有东方白鹤、白肩雕、达氏鲟等；二级野生保护动物65种，有江豚、小天鹅、中华虎凤蝶等；江苏省重点保护动物125种，濒危动物35种。

水资源   

南京地处长江下游，长江自西南向东北斜贯市境，长约93千米，东距入海口300多千米。秦淮河自南向北奔流而来，是南京的母亲河；玄武湖、莫愁湖是镶嵌在主城区的两颗明珠。全市水域面积约占11%。河湖水系主要属于长江水系，仅在六合区北部流入高邮湖、宝应湖的河流属淮河水系。长江水系包括江南的秦淮河水系，江北的滁河水系，由沿江两岸独流入江的小河流形成的沿江水系，由石臼湖和固城湖组成的两湖水系，以及高淳东部的西太湖水系。地下水资源丰富且水质优良，江宁的汤山、江浦的汤泉、浦口的珍珠泉等尤为闻名。

矿产资源   

南京矿产资源丰富，发现的矿产主要有铁、铜、铅、锌、锶、硫铁、白云石、石灰石、石膏、黏土等41种，其中探明储量的23种、有工业开采价值的20种、正在开采的10多种。锶矿（天青石）的质量和蕴藏量居全国首位；铜矿、铅锌矿蕴藏量占全省90％以上，铁矿占全省89％，石灰石、白云石、凹凸棒石黏土矿在全省占重要地位。南京的矿产主要集中在4个成矿区带，即江浦—六合铁、铜成矿带，宁镇铁、铜、硫多金属成矿带，宁芜铁、铜、硫成矿区，溧水铁、铜成矿区。