从负责发酵酸奶的乳酸菌,到生产胰岛素的大肠杆菌,细菌充斥着我们生活的方方面面。每种细菌的大小各有不同,其背后的生长分裂也暗示着生命的奥秘。细菌大小到底是怎么决定的?
5月18日,深圳先进院刘陈立实验室在国际权威期刊《自然·微生物学》发表文章,以大肠杆菌为例,用一个全新方程解释了细菌细胞生长法则。文章通讯作者刘陈立研究员在接受深圳商报记者采访时表示,“此前这一领域已有两大经典法则,我们的研究是对传统的修正。”
复杂生物学背后的简单规律
早在1958年,美国科学家Schaechter等就突破性地用一个数学公式描述了细胞生长:当细菌细胞的生长速度增加一倍,细胞的大小增加两倍;生长速度增加两倍,细胞大小增大四倍。这一理论揭示了复杂生物学背后的简单规律,自此,生命运行状态变得可被预测,这一公式后被称为“SMK生长法则”。
此后的1968年,美国科学家Donachie在《自然》杂志发表文章,认为细胞大小决定了细胞内DNA何时开始新一轮复制。当细胞进入复制阶段时,细胞大小和复制起点数的比值是恒定不变的。这一比值被称为“起始质量”,且“起始质量”与生长速率无关。开始新一轮DNA复制后,经过恒定的时间周期,细胞分裂。
由于细胞是指数生长,起始质量及时间周期恒定,因此分裂时细胞的大小正比于生长速率的指数次方。这一观点很好的契合了SMK生长法则,回答了“细菌大小是怎么决定的”这一科学问题,被称为“恒定起始质量假说”。
用数据挑战权威
这两大法则就像定量生物学道路上的指路牌,六十多年来指引了无数相关研究的开展。也有一些研究团队对两大法则的准确定提出过质疑,但由于缺乏系统全面的实验数据,这种质疑并未得到验证。
对此,刘陈立团队经过三年多的反复实验,修正了原有法则,这是迄今为止有报道的类似研究中,选用培养基种类最多、覆盖生长速率范围最广的一次。
“通常的研究会选取1种或少数几种培养基,而我们选择了超过30种培养基开展实验,我们采用早晚轮班制,对细胞的生长状态进行实时监控,以确保每次取样都是在细胞稳定状态下进行的,”论文第一作者郑海博士介绍,“在低生长速率条件下,完成一次实验所需时间长达一周,而为确保数据可靠,实验还需要重复,重复次数多的超过9次以上。”
成果可用于工业生产
经过反复试验,刘陈立团队发现原有的两大法则并不准确,“虽然生长速度越快,细胞越大,但二者之间的关系并不符合SMK生长法则的预期”刘陈立说,“按照法则描述,无论细胞生长快慢,一旦达到‘起始质量’,就应该开始新一轮的DNA复制,然而,我们却在实验中观察到,细菌细胞没有遵循假说,不同培养条件下,‘起始质量’有高有低。”
对此,团队发现了全新方程,即细胞大小()正比于生长速率()和时间周期(C+D)的乘积,被称为个体生长分裂方程。
刘陈立表示,这一方程使得细菌个体大小、生长速率等自然现象,具有了一定的可预测性,比如将细胞大小和时间周期代入,就能得到其生长速率。
“这一定量公式可用于理性自动调控生产,例如工业发酵等,”刘陈立表示,“长远来看,还有望提升合成生物学理性设计的能力,推动合成生物学发展。”
(深圳商报供稿)
编辑 陈伊翘