华大智造基因测序仪助力多地疾控破译基孔肯雅病毒全貌

近日，世界卫生组织专家就蚊媒传播疾病基孔肯雅热发出警报，提醒各国做好应对准备，避免疫情大规模暴发。

记者获悉，华大智造最新款DNBSEQ基因测序仪T1+为多地疾控提供硬核支撑，成功破译此轮病例样本基孔肯雅病毒全貌，实现精准溯源。

疾控工作人员运用T1+平台对基孔肯雅病毒进行检测

基孔肯雅热在中国以输入性病例为主，基孔肯雅热多为轻症，大部分患者可在1-2周之内自行恢复。防范关键在于防蚊灭蚊、锁定源头、控制传播。

近期，深圳疾控-华大智造联合实验室基于华大智造T1+基因测序仪，对4例基孔肯雅病毒感染者进行测序溯源，其测序覆盖度均高于99.9%。其中1例本土及1例输入病例感染的病毒属于基孔肯雅东中南非型（ECSA），另外两例境外输入病例感染的病毒属于基孔肯雅亚洲型（Asian分型）；需结合人群流行病学调查结果对上述基因组溯源结果进行进一步判断。值得一提的是，其中1例低病毒载量样本（Ct=37），采用T1+进行宏转录组测序也获得了全长序列。这展现了T1+快速、高通量的性能结合宏基因组测序方法的溯源兜底能力。

深圳疾控基于T1+进行基孔肯雅病毒测序的分析报告

基孔肯雅病毒全基因组进化树与分型情况

除深圳疾控之外，T1+助力完成的基孔肯雅病毒溯源报告在各地疾控陆续输出，高效捕获病毒序列，支持疾控部门快速、精准、有效地制定防控策略。

某疾控基于DNBSEQ-T1+宏基因组测序组装的基孔肯雅病毒基因组圈图

作为全球日生产速度最快的桌面式Tb级测序仪，T1+凭借快速、高通量的优势，针对低载量、型别多样的病毒阳性样本，无需培养直接进行宏基因组测序均可获得完整全长。T1+也是全球首款可在24小时内产出Tb级别数据的桌面式测序仪，具备24小时Tb级数据产出、一键自动化操作等优势，集成DNB制备与生信分析模块，实现“测序-分析一体化”全流程闭环，可在24小时内一键完成DNA文库的PE150测序任务，完成SE50测序最多只需7小时。

T1+针对病原微生物的自动化交付全流程方案能够为传染性疾病防控提供强有力的工具支撑，从样本提取、文库制备，再到结合DNB制备分lane加载系统，最终完成测序并在测序仪内自动生成生信分析报告，全程自动化解放双手，可全面满足公共卫生领域对 “精准、快速、简易” 的核心需求。

基孔肯雅病毒基因组结构[1]

基孔肯雅病毒型别多样、突变位点多，传统的溯源方法为细胞培养后进行 Sanger 测序需要耗时数周，并且面对低病毒载量样本时细胞培养法成功率较低，2017-2019 年广州40例输入病例中，仅5株成功培养（Ct＞30 时成功率＜20%）[2]。同时，基孔肯雅病毒培养需要生物安全三级实验室（BSL-3）环境，传统方法不适用于基层疾控、一线海关口岸。

相比传统方法，宏基因组测序技术“免培养、广谱筛查、全基因组解析”的特性，使其成为应对新发突发传染病溯源工作的关键技术。

早在2024年1月，广州市八医院联合华大智造，采用优化的宏转录组测序策略也实现了基孔肯雅病毒低载量样本的高效溯源。

2024年基于MGISEQ-2000测序仪的基孔肯雅输入病例宏转录组测序、溯源

DNBSEQ测序平台T1+、MGISEQ-2000在中心实验室基孔肯雅病毒监测溯源中发挥了重要作用，小巧灵活的CycloneSEQ测序平台则更适合一线海关口岸。

目前，多地海关正应用CycloneSEQ平台开展基孔肯雅病毒全基因组测序，从源头管控输入性病例。数据显示，采用CycloneSEQ平台G100-ER进行测序，其测序结果覆盖度可达100%，与采用DNBSEQ平台测序结果完全一致。凭借纳米孔测序技术实时快速的优势，CycloneSEQ测序平台可对海关入境时在流行态下的高密度样本实现监测，高效识别传染源，抢占先机。若传染源发生一定程度暴发，T1+等DNBSEQ测序平台则可支持大规模样本测序、调查和溯源监测变异。

基于华大智造全读长（SEQ ALL）系列测序平台的成功实践，为新发突发传染病防控提供了更先进、更高效、更便捷的自主化解决方案，为市民健康持续筑牢公共卫生的“防火墙”。

（受访单位供图）

编辑 刘彦 审读 张雪松 二审 李璐 三审 何涛