破译“基孔肯雅热”全貌，华大智造测序仪为多地疾控助力

根据广东省佛山市五区卫生健康局通报，截至2025年7月23日，佛山市累计报告基孔肯雅热确诊病例超3000例，均为轻症病例。7月24日，记者从华大智造获悉，在此轮基孔肯雅热疫情中，相关地区的疾控中心、海关紧急响应，均使用华大智造全读长（SEQ ALL）系列测序平台进行基孔肯雅病毒测序，其中，华大智造最新款短读长（DNBSEQ）基因测序仪“T1+”为多地疾控提供硬核支撑，成功破译此轮病例样本基孔肯雅病毒全貌，实现精准溯源。

疾控工作人员运用T1+平台对基孔肯雅病毒进行检测。

基孔肯雅病毒（Chikungunya Virus，CHIKV）属于披膜病毒科甲病毒属，病毒颗粒呈球形，有包膜，直径60—70nm，只有1个血清型。据介绍，基孔肯雅病毒型别多样、突变位点多，传统的溯源方法为细胞培养后进行Sanger测序需要耗时数周，并且面对低病毒载量样本时细胞培养法成功率较低。相比传统方法，宏基因组测序技术“免培养、广谱筛查、全基因组解析”的特性，使其成为应对新发突发传染病溯源工作的关键技术。华大智造的测序仪正是基于宏基因组测序技术运行。

基孔肯雅病毒全基因组进化树与分型情况。

华大智造方面介绍，T1+是全球首款可在24小时内产出Tb级别数据的桌面式测序仪，具备24小时Tb级数据产出、一键自动化操作等优势，集成DNB制备与生信分析模块，实现“测序-分析一体化”全流程闭环，可在24小时内一键完成DNA文库的PE150测序任务，完成SE50测序最多只需7小时。这是全球日生产速度最快的桌面式Tb级测序仪。

记者了解到，在2024年1月，广州市八医院曾联合华大智造，采用优化的宏转录组测序策略也实现了基孔肯雅病毒低载量样本的高效溯源。彼时，患者由于病毒浓度过低无法开展分离培养，研究人员采用优化的宏转录组建库方法，搭配华大智造通量灵活的MGISEQ-2000基因测序仪，最终从全血样本中成功获得全长基孔肯雅病毒基因组。经过生信分析，该毒株（命名为 GZ01/2024）确认含亚洲谱系标志性突变，这些突变与适应白纹伊蚊传播相关，系统发育树显示其与东帝汶及印度尼西亚毒株高度同源，2024年1月，东帝汶当地曾暴发基孔肯雅热，与患者旅行史完全吻合。

某地疾控基于DNBSEQ-T1+宏基因组测序组装的基孔肯雅病毒基因组圈图。

据介绍，在实际病毒溯源中，正在应用长读长（CycloneSEQ）平台和短读长（DNBSEQ）平台结合的方式进行。凭借纳米孔测序技术实时快速的优势，CycloneSEQ测序平台可对海关入境时在流行态下的高密度样本实现监测，高效识别传染源，抢占先机。若传染源发生一定程度暴发，T1+等DNBSEQ测序平台则可支持大规模样本测序、调查和溯源监测变异。目前，多地海关正应用长读长（CycloneSEQ）平台开展基孔肯雅病毒全基因组测序，从源头管控输入性病例。

（本文图片由华大智造提供）

编辑 沈静愉 审读 张蕾 二审 关越 三审 甘霖