研究了10104只鸡，科学家“写”出了一本鸡界“基因字典”

广东人说的“鸡有鸡味”是什么？“鸡味”跟基因有关吗？在群体基因组研究中，构建一个高质量、代表性强的参考基因组面板（reference panel）是提升基因型填充精度的关键。

此前，牛和猪等经济动物已分别建立标准化参考资源，作为全球饲养量最大的家禽——鸡，尚缺乏一套覆盖广泛、样本充足、可支持多场景应用的高质量参考面板。

为填补这一空白，来自中国农业大学的胡晓湘和王宇哲团队联合国内外多个单位，发起了全球首个10万规模鸡参考面板项目。

近日，项目的首批成果发布——构建了全球首个鸡类参考基因组资源库，并发表在期刊Genomics, Proteomics & Bioinformatics杂志上。

视频来源：华大智造

据悉，最近发布的成果属于该项目第一阶段的成果。在第一阶段的研究中，团队采用低深度测序获得了10104份商品鸡样本，构建了全球首个鸡类参考基因组资源库，整合了来自全球多个品种/品系的11951个鸡基因组样本，涵盖全球主要商品鸡与地方鸡种群，并扩展了现有变异数据库的覆盖范围。

此外，团队还搜集了1847个高深度测序样本，构建了两个高质量子面板（CBP 与 CMP），系统评估了不同策略下的基因型填充性能，并在模拟与真实性状中展示了其在基因组关联分析（GWAS）和因果变异定位中的优势。该资源库有望为鸡种遗传变异图谱构建、人工选择研究和精准育种提供基础支撑。

论文发布页面截图。图片来源：期刊Genomics, Proteomics & Bioinformatics

“从AI大模型的角度来说，基因组也是一门语言，它本身就非常符合文本类型语言化的特征。因此，我们想用AI的深度学习与大语言模型的方法，把基因组作为一门语言来进行深入的研究。把鸡的基因组弄明白后，对我们理解人类和其他动物的疾病等现象都是有帮助的，这是我们全球鸡基因字典这个项目希望实现的意义。”论文的最后作者胡晓湘表示。

记者了解到，此项研究从样本处理到基因测序，获得了华大智造DNBSEQ-T7基因测序平台以及MGISP-960高通量自动化样本制备系统、MGISTP-7000分杯处理系统的支持。

华大智造方面介绍，畜禽全基因组选择通常面临着样本量巨大、成本要求苛刻等问题，华大智造一站式解决平台的业务模式恰好能够解决这一难题，华大智造超高通量基因测序仪匹配自动化产线，一方面能够在样本处理和建库通量上实现高通量、高效率、低成本，另一方面也大大降低了时间成本，进一步匹配畜禽育种的产业需求。

据悉，中国农业大学国家模式动物科学中心于2024年10月与华大智造达成战略合作，共建国家模式动物科学中心DCS Lab，华大智造的多个平台及设备已入驻上述中心。

编辑 刘兰若 审读 伊诺 二审 周梦璇 三审 刘思敏