国际数据共享助力实现史上最快疫情研究

据欧洲科学杂志《地平线》3月23日报道，在新冠病毒基因测序方面的进步让科学家更快地追踪和检测新冠病毒。技术的进步极大地降低了基因测序的成本，现在医疗设备也已经可以做到比手掌还小，这使得在世界范围内对大量样本进行测序变得更加容易。

自新冠疫情暴发以来，世界各地的科学家都迅速响应加紧研究，新冠病毒的基因组测序数据在数天之内就被发布到了网上，而2003年非典病毒则用了3个月时间。

“基因组序列可以帮助我们了解病毒传播的方式和速度，还可以估计出被感染的人数。随着我们获得的基因组序列越来越多，这些预估的数据也越来越准确。”比利时科学家安妮-米克·范达姆说。

被广泛运用的下一代测序技术（NGS）可以产生大量的数据，现在的问题是找到正确分析数据的方法。

2015年，范达姆教授领导的研究项目开发出了一种名为“基因组检测”的工具，它可以从测序机获取原始数据，筛选掉非病毒的结果后再将基因组进行重新拼接，以帮助科学家识别病毒。这种技术不依赖任何先前的猜测和假设，所以甚至可以识别出以往从未出现过的新病毒，比利时对第一例新冠肺炎病例的诊断就得益于这种技术。

基因测序潜力的释放需要对不同病例进行对比分析。范达姆教授称，目前在研究新冠病毒方面的国际合作非常棒。“在网上分享测序数据和研究成果非常便捷。与过去相比，我们现在有更多的在线共享工具”。

其中最典型的工具就是NextStrain，这是一个利用基因组数据实时监测病毒进化情况的在线平台。它曾追踪过寨卡病毒、埃博拉病毒和登革热等几次疫情，并被用于指导世界卫生组织制定关于季节性流感的政策。

研究论文通常需要几个月的时间才能正式发表，此次疫情危机下迅速分享信息的需求也鼓励了更多论文以“预印本”的形式发表。预印本指尚未通过同行评审的论文草稿。

瑞士巴塞尔大学、NextStrain项目的负责人理查德·奈尔表示：“推广开放科学、开放数据和预印平台确实改变了我们在此次疫情中进行科学讨论的方式。”

奈尔认为，全基因组测序作为诊断工具在对抗全球大流行病时变得更加重要，因为它将告诉我们有多少传播链仍在传播，以及病毒是否正在从一个区域传播到另一个区域。

见习编辑 廖锦辉